Fernando, um ornitólogo solitário, é engolido pelos rápidos quando descia um rio perdido no Norte de Portugal, em busca de cegonhas pretas, uma espécie ameaçada.

Salvo das águas por duas chinesas em peregrinação a Santiago de Compostela, penetra numa floresta sombria e misteriosa ao tentar regressar onde partiu. Mas, pouco a pouco, obstáculos e encontros inesperados colocam-no à prova, surpreendem-no, violentam-no e conduzem-no a actos extremos que o vão transformar. Gradualmente, Fernando revela-se um outro homem: inspirado, múltiplo, e, finalmente, iluminado.

O Ornitólogo valeu a João Pedro Rodrigues o prémio de melhor realização no Festival de Locarno, na Suiça, evento tradicionalmente associado aos circuitos "alternativos" da produção internacional.