Promover o sucesso da instalação dos jovens agricultores é a principal missão desta comissão que vai também avaliar o impacto do financiamento público à instalação de jovens agricultores atribuído no actual quadro comunitário de apoio e nos períodos de programação 2000-2006 e 2007-2013.

Para o ministério da Agricultura é fundamental que se compreenda o desenvolvimento do sector ao longo dos últimos anos e de que forma se reflectiu no País a aplicação de muitos milhões de euros de fundos públicos.

Por outro lado, esta comissão tem também como missão o aconselhamento prévio que vem dar resposta a uma reivindicação de longa data dos Jovens Agricultores, designadamente "analisar a actividade agrícola exercida por jovens agricultores, incluindo a fase que antecede o início de actividade, abrangendo, designadamente, as questões da formação e acompanhamento técnico, do acesso à terra, da integração no mercado e, mais especificamente, os instrumentos de apoio à instalação de jovens agricultores.

O Despacho de criação da CAJA sublinha que "a importância do rejuvenescimento do sector agrícola fundamenta um acompanhamento particular dos jovens agricultores, na medida em que estes representam a participação na agricultura de capital humano com grau de formação elevado, capacidade inovadora, apetência pelas tecnologias de informação e comunicação e visão multidisciplinar relevante e conclui que estes são aspectos essenciais no aumento do valor gerado pela agricultura.