Para além do Morcego-Rato-Grande, o abrigo acolhe outras três espécies de morcegos: Morcego-de-Peluche (Miniopterus schreibersii), Morcego-de-Ferradura-Mourisco (Rhinolophus mehelyi) e Morcego-de-Ferradura-Grande (Rhinolophus ferrumequinum), todos com estatuto de conservação vulnerável, reforçando o elevado valor ecológico deste local.
A existência deste abrigo foi identificada pela EDIA em abril de 2023, no decurso de uma ação de fiscalização destinada a verificar o cumprimento das medidas previstas nas Declarações de Impacte Ambiental. Nessa ocasião, foi observada, através do poço respirador da mina, uma concentração significativa de morcegos, o que motivou o desenvolvimento de ações de monitorização e conservação específicas que culminaram agora na confirmação da importância deste abrigo.
Estima-se que a colónia do Abrigo Beja I consuma mais de 100 kg de insetos por noite, desempenhando um importante papel no equilíbrio ecológico e no controlo natural de pragas e doenças no território agrícola de Alqueva. Este abrigo integra a rede de 21 abrigos de morcegos monitorizados pela EDIA, em parceria com o Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas (ICNF), cujas colónias consomem, em conjunto, mais de 600 kg de insetos por noite, prestando um relevante serviço e contributo para a sustentabilidade dos ecossistemas agrícolas.
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